Balanced DNA interpolation improves learning of genetic distance-informed embeddings in plants.

Revue : PLoS computational biology

Parution : Jeudi 3 septembre 2026

Statut : code vérifié

Méthodes : Connectivité, Statistiques, Apprentissage

Carte de traçage

Proposée automatiquement : ces liens ont été trouvés dans l'article et vérifiés à la source, sans relecture humaine. Elle recevra un DOI Zenodo quand un de ses auteurs l'aura validée avec son ORCID.

Code des auteurs

lmkoesters/dnainterpolator

Licence : AGPL-3.0

État : le lien répond

Preuve : fichiers inventoriés

Commit : 0effe83e99d39735e5007f7642d11ea7c703683a

Langages : Python (30), Shell (2), R (1)

Trouvé : « Data Availability »

35 fichiers

src/0_create_raw_input/aln_from_csv.py — Python, 38 lignes [lire ici]
src/0_create_raw_input/calc_distances.py — Python, 31 lignes [lire ici]
src/0_create_raw_input/main.py — Python, 40 lignes [lire ici]
src/1_interpolation/calculate_p_distances.R — R, 52 lignes [lire ici]
src/1_interpolation/dna_interpolation.py — Python, 1 250 lignes [lire ici]
src/1_interpolation/interpolated_formatter.py — Python, 228 lignes [lire ici]
src/1_interpolation/main.py — Python, 114 lignes [lire ici]
src/1_interpolation/run_snp_sites.sh — Shell, 15 lignes [lire ici]
src/2_dataset_formatting/balanced_interpolation/create_pairs_from_alignments.py — Python, 259 lignes [lire ici]
src/2_dataset_formatting/balanced_interpolation/filter_comparisons.py — Python, 229 lignes [lire ici]
src/2_dataset_formatting/balanced_interpolation/main.py — Python, 116 lignes [lire ici]
src/2_dataset_formatting/extract_test_samples.py — Python, 65 lignes [lire ici]
src/2_dataset_formatting/imbalanced_interpolation/create_pairs_from_alignments.py — Python, 253 lignes [lire ici]
src/2_dataset_formatting/imbalanced_interpolation/filter_comparisons.py — Python, 252 lignes [lire ici]
src/2_dataset_formatting/imbalanced_interpolation/main.py — Python, 94 lignes [lire ici]
src/2_dataset_formatting/no_interpolation/assign_splits.py — Python, 78 lignes [lire ici]
src/2_dataset_formatting/no_interpolation/create_pairs_from_alignments.py — Python, 249 lignes [lire ici]
src/2_dataset_formatting/no_interpolation/filter_comparisons.py — Python, 211 lignes [lire ici]
src/2_dataset_formatting/no_interpolation/main.py — Python, 144 lignes [lire ici]
src/3_training/build_datasets.py — Python, 236 lignes [lire ici]
src/3_training/main.py — Python, 56 lignes [lire ici]
src/3_training/metrics_and_callbacks.py — Python, 138 lignes [lire ici]
src/3_training/model_definition.py — Python, 118 lignes [lire ici]
src/3_training/train.py — Python, 152 lignes [lire ici]
src/3_training/train_modules.py — Python, 354 lignes [lire ici]
src/4_eval/build_datasets.py — Python, 218 lignes [lire ici]
src/4_eval/calc_pred_dist.py — Python, 150 lignes [lire ici]
src/4_eval/main.py — Python, 53 lignes [lire ici]
src/4_eval/metrics_and_callbacks.py — Python, 76 lignes [lire ici]
src/4_eval/model_definition.py — Python, 55 lignes [lire ici]
src/4_eval/model_embeddings.py — Python, 233 lignes [lire ici]
src/4_eval/train_modules.py — Python, 220 lignes [lire ici]
src/interpolate_all.sh — Shell, 48 lignes [lire ici]
LICENSE — Licence, 661 lignes [lire ici]
README.md — Texte, 71 lignes [lire ici]