High-accuracy SNV calling for bacterial isolates using deep learning with AccuSNV.

Revue : Genome research

Parution : Mardi 1 septembre 2026

Statut : code vérifié

Méthodes : Prétraitement, Statistiques, Apprentissage

Carte de traçage

Proposée automatiquement : ces liens ont été trouvés dans l'article et vérifiés à la source, sans relecture humaine. Elle recevra un DOI Zenodo quand un de ses auteurs l'aura validée avec son ORCID.

Code des auteurs

liaoherui/accusnv

Licence : MIT

État : le lien répond

Preuve : fichiers inventoriés

Commit : 562d1a5c4e528e7311259559fa93132bdfc23c46

Langages : Python (27), JavaScript (1)

Trouvé : « Code availability »

30 fichiers

src/accusnv/__init__.py — Python, 5 lignes [lire ici]
src/accusnv/accusnv/__init__.py — Python, 1 ligne
src/accusnv/accusnv/accusnv.py — Python, 502 lignes [lire ici]
src/accusnv/accusnv/cnn_pred.py — Python, 620 lignes [lire ici]
src/accusnv/cli.py — Python, 611 lignes [lire ici]
src/accusnv/downstream/__init__.py — Python, 7 lignes [lire ici]
src/accusnv/downstream/annotate.py — Python, 522 lignes [lire ici]
src/accusnv/downstream/dnds.py — Python, 482 lignes [lire ici]
src/accusnv/downstream/generate_dashboard.py — Python, 412 lignes [lire ici]
src/accusnv/downstream/snv.py — Python, 2 008 lignes [lire ici]
src/accusnv/downstream/tree_building.py — Python, 432 lignes [lire ici]
src/accusnv/log.py — Python, 106 lignes [lire ici]
src/accusnv/models/train.py — Python, 837 lignes [lire ici]
src/accusnv/preprocessing/__init__.py — Python, 1 ligne
src/accusnv/preprocessing/build_candidate_mutation_table.py — Python, 166 lignes [lire ici]
src/accusnv/preprocessing/pileup2diversity.py — Python, 262 lignes [lire ici]
src/accusnv/preprocessing/upstream_rejects.py — Python, 114 lignes [lire ici]
src/accusnv/preprocessing/utils.py — Python, 111 lignes [lire ici]
src/accusnv/preprocessing/variants2positions.py — Python, 111 lignes [lire ici]
src/accusnv/preprocessing/vcf2quals_snakemake.py — Python, 101 lignes [lire ici]
src/accusnv/templates/peartree.bundle.min.js — JavaScript, 2 lignes [lire ici]
src/accusnv/workflow/resources.py — Python, 39 lignes [lire ici]
tests/test_annotation_alignment.py — Python, 42 lignes [lire ici]
tests/test_edge_filter.py — Python, 65 lignes [lire ici]
tests/test_input_validation.py — Python, 165 lignes [lire ici]
tests/test_path_handling.py — Python, 88 lignes [lire ici]
tests/test_pileup_reference_base.py — Python, 106 lignes [lire ici]
tests/test_sample_name_handling.py — Python, 38 lignes [lire ici]
LICENSE — Licence, 21 lignes [lire ici]
README.md — Texte, 320 lignes [lire ici]

liaoherui/accusnv-eval

Licence : aucune : les auteurs gardent tous leurs droits

État : le lien répond

Preuve : fichiers inventoriés

Commit : a0cac9ba1ceb9047a727dd97dac62492856ed39c

Langages : Python (9), R (2)

Trouvé : « Code availability »

12 fichiers, à lire à la source

Ce dépôt n'a pas de licence : ses auteurs gardent tous leurs droits. Lisez-le à la source.

Real-world-data-exp/cal_metrics_for_upset_combine_all.py — Python, 377 lignes
Real-world-data-exp/generate_benchmark_script.py — Python, 129 lignes
Simulated-exp-10-strain/benchmark_metrics_with_output_batch_run_all.py — Python, 267 lignes
Simulated-exp-10-strain/benchmark_script_breseq_batch_depth.py — Python, 93 lignes
Simulated-exp-10-strain/benchmark_script_depth_batch.py — Python, 137 lignes
Simulated-exp-10-strain/plot_scatter.R — R, 307 lignes
Simulated-exp-10-strain/reads_simulation_batch_depth.py — Python, 92 lignes
Simulated-exp-100-strain/benchmark_metrics_with_output_batch_run_all.py — Python, 275 lignes
Simulated-exp-100-strain/generate_benchmark_script_more_root.py — Python, 139 lignes
Simulated-exp-100-strain/merge_plot.R — R, 230 lignes
Simulated-exp-100-strain/sim_reads_strain100_more_root.py — Python, 100 lignes
README.md — Texte, 63 lignes