Neuronal activity-driven 3D chromatin dynamics in cortical pyramidal neurons depend on SATB2.

Revue : Nucleic acids research

Parution : Samedi 1 août 2026

Statut : code vérifié

Méthodes : Statistiques, Lissage, filtrage d'état, décompositions, Apprentissage, Prétraitement, Connectivité

Carte de traçage

Proposée automatiquement : ces liens ont été trouvés dans l'article et vérifiés à la source, sans relecture humaine. Elle recevra un DOI Zenodo quand un de ses auteurs l'aura validée avec son ORCID.

Code des auteurs

sespesogil/satb2_3d_genome

Licence : aucune : les auteurs gardent tous leurs droits

État : le lien répond

Preuve : fichiers inventoriés

Commit : 9ffea7a7eec0e161bf5eb618abdf2f0950886ae5

Langages : R (10), Shell (8)

Trouvé : le texte, « Mapping, filtering, normalization, and quality c »

19 fichiers, à lire à la source

Ce dépôt n'a pas de licence : ses auteurs gardent tous leurs droits. Lisez-le à la source.

Decay_plots/DecayFreq.R — R, 36 lignes
Decay_plots/importICEDinteractions.R — R, 44 lignes
Enriched_permutate/Enrich_permutateMouse.sh — Shell, 111 lignes
Enriched_permutate/Enriched_permutateHuman.sh — Shell, 104 lignes
FIREs/implementation.R — R, 19 lignes
FIREs/renameSparseToDense.sh — Shell, 21 lignes
GENOVA/SaddlePlots.R — R, 44 lignes
GENOVA/TAD_N_Analysis.R — R, 26 lignes
HiCReproducibility/HiCreproducibility.R — R, 54 lignes
HiCReproducibility/InputGeneration/HicPro2Juicebox.sh — Shell, 18 lignes
HiCReproducibility/RunHiCReproducibility.R — R, 63 lignes
Mustache/Diff.Chrom.Loops.sh — Shell, 8 lignes
Mustache/mustache.to.FANC.sh — Shell, 45 lignes
Mustache/mustache.to.WashU.sh — Shell, 46 lignes
RNAseq/S01_MappingAnalysis.sh — Shell, 42 lignes
RNAseq/S02_Differential_analysis.R — R, 489 lignes
SpectralTAD/runSpectralTAD.R — R, 29 lignes
dcHIC/annotator/dcHiC.aggregate.R — R, 10 lignes
README.md — Texte, 9 lignes

ay-lab/dchic

Licence : MIT

État : le lien répond

Preuve : fichiers inventoriés

Commit : 144b4dfed665a8ddbd90ab3bff778736e8fde796

Langages : R (4), Perl (2), Shell (1), Python (1)

Trouvé : le texte, « A/B compartment analysis »

10 fichiers

dchicf.r — R, 2 976 lignes [lire ici]
utility/Chromosome_ArmWise_PCA/run_dcHiC_chrArms_combine_step2.pl — Perl, 97 lignes [lire ici]
utility/Chromosome_ArmWise_PCA/run_dcHiC_chrArms_pca_step1.pl — Perl, 211 lignes [lire ici]
utility/getcHiCinputfromExistingPCs.r — R, 45 lignes [lire ici]
utility/mergeDEcompartments.sh — Shell, 10 lignes [lire ici]
utility/pcacluster.r — R, 327 lignes [lire ici]
utility/preprocess.py — Python, 184 lignes [lire ici]
utility/reselectpc.r — R, 79 lignes [lire ici]
LICENSE — Licence, 21 lignes [lire ici]
README.md — Texte, 251 lignes [lire ici]

ali-mujahid/satb2-3d-genome-organization

Licence : aucune : les auteurs gardent tous leurs droits

État : le lien répond

Preuve : fichiers inventoriés

Commit : 7a0c5d488472589da7095448d3e2ccaeff484858

Trouvé : « Data availability »

Zenodo 21534635

Licence : CC-BY-4.0

État : le lien répond

Preuve : fichiers inventoriés

Trouvé : « Data availability »