Network-based stratification of allele-specific expression reveals patient subgroups in Huntington's disease.
Revue : Bioinformatics (Oxford, England)
Parution : Samedi 1 août 2026
Statut : code vérifié
Méthodes : Statistiques, Apprentissage, Connectivité
Carte de traçage
Proposée automatiquement : ces liens ont été trouvés dans l'article et vérifiés à la source, sans relecture humaine. Elle recevra un DOI Zenodo quand un de ses auteurs l'aura validée avec son ORCID.
Code des auteurs
macsbio/hd-ase-nbs
Licence : MIT
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
d61affb4d3ed6e5901edbd05b21b5c0118aff994Langages : Shell (14), Python (14), R (10)
Trouvé : « Data availability statement »
40 fichiers
- docker/install_packages.R — R, 109 lignes [lire ici]
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- scripts/downstream analysis/ASE-pre-processing/ASE_HTT.R — R, 1 267 lignes [lire ici]
- scripts/downstream analysis/ASE-pre-processing/manhattanplot-function.R — R, 100 lignes [lire ici]
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- scripts/fastq-processing/fastqc_trimmed_reads.sh — Shell, 27 lignes [lire ici]
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- scripts/fastq-processing/run_Haplotypecaller.sh — Shell, 45 lignes [lire ici]
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- scripts/fastq-processing/star_wasp_align.sh — Shell, 69 lignes [lire ici]
- scripts/pyNBS/pyNBS/__init__.py — Python, 1 ligne
- scripts/pyNBS/pyNBS/consensus_clustering.py — Python, 72 lignes [lire ici]
- scripts/pyNBS/pyNBS/data_import_tools.py — Python, 222 lignes [lire ici]
- scripts/pyNBS/pyNBS/gene_conversion_tools.py — Python, 230 lignes [lire ici]
- scripts/pyNBS/pyNBS/network_propagation.py — Python, 125 lignes [lire ici]
- scripts/pyNBS/pyNBS/pyNBS_core.py — Python, 291 lignes [lire ici]
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- scripts/pyNBS/pyNBS/pyNBS_single.py — Python, 148 lignes [lire ici]
- scripts/pyNBS/pyNBS/pyNBS_stability.py — Python, 375 lignes [lire ici]
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- scripts/pyNBS/pynbs_results/pynbs_replot.py — Python, 37 lignes [lire ici]
- scripts/pyNBS/pynbs_results/pynbs_results_hd.R — R, 216 lignes [lire ici]
- scripts/pyNBS/python-parallel.py — Python, 102 lignes [lire ici]
- scripts/pyNBS/run_stability.py — Python, 42 lignes [lire ici]
- scripts/pyNBS/setup.py — Python, 35 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 21 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 33 lignes [lire ici]