Stoic: fast and accurate protein stoichiometry prediction.

Revue : Bioinformatics (Oxford, England)

Parution : Samedi 1 août 2026

Statut : code vérifié

Méthodes : Apprentissage

Carte de traçage

Proposée automatiquement : ces liens ont été trouvés dans l'article et vérifiés à la source, sans relecture humaine. Elle recevra un DOI Zenodo quand un de ses auteurs l'aura validée avec son ORCID.

Code des auteurs

pickybinders/stoic

Licence : MIT

État : le lien répond

Preuve : fichiers inventoriés

Commit : b56a1a1c1d6028787cafed24128622318d91d901

Langages : Python (30), Jupyter (1), Shell (1)

Trouvé : « Data availability »

34 fichiers

stoic/__init__.py — Python, 5 lignes [lire ici]
stoic/feature_pooling.py — Python, 383 lignes [lire ici]
stoic/layers.py — Python, 154 lignes [lire ici]
stoic/model.py — Python, 379 lignes [lire ici]
stoic/predict_stoichiometry.py — Python, 299 lignes [lire ici]
stoic/seq_emb_models.py — Python, 209 lignes [lire ici]
stoic/utils.py — Python, 107 lignes [lire ici]
stoic_colab.ipynb — Jupyter, 295 lignes [lire ici]
stoic_train/__init__.py — Python, 1 ligne
stoic_train/callbacks.py — Python, 148 lignes [lire ici]
stoic_train/dataset.py — Python, 345 lignes [lire ici]
stoic_train/download_zenodo_data.sh — Shell, 42 lignes [lire ici]
stoic_train/lightning_model.py — Python, 677 lignes [lire ici]
stoic_train/losses.py — Python, 255 lignes [lire ici]
stoic_train/make_train_val_split.py — Python, 151 lignes [lire ici]
stoic_train/metrics.py — Python, 226 lignes [lire ici]
stoic_train/samplers.py — Python, 160 lignes [lire ici]
stoic_train/train.py — Python, 22 lignes [lire ici]
tests/conftest.py — Python, 10 lignes [lire ici]
tests/test_callbacks.py — Python, 170 lignes [lire ici]
tests/test_datamodule.py — Python, 208 lignes [lire ici]
tests/test_dataset.py — Python, 78 lignes [lire ici]
tests/test_feature_pooling.py — Python, 274 lignes [lire ici]
tests/test_layers.py — Python, 140 lignes [lire ici]
tests/test_lightning_model.py — Python, 388 lignes [lire ici]
tests/test_losses.py — Python, 213 lignes [lire ici]
tests/test_make_train_val_split.py — Python, 183 lignes [lire ici]
tests/test_model.py — Python, 250 lignes [lire ici]
tests/test_predict_stoichiometry.py — Python, 280 lignes [lire ici]
tests/test_samplers.py — Python, 207 lignes [lire ici]
tests/test_seq_emb_models.py — Python, 173 lignes [lire ici]
tests/test_utils.py — Python, 82 lignes [lire ici]
LICENSE — Licence, 21 lignes [lire ici]
README.md — Texte, 175 lignes [lire ici]