Pocket-PROTACs: an interpretable pocket-aware deep learning framework for predicting PROTAC-induced protein degradation.
Revue : Bioinformatics (Oxford, England)
Parution : Samedi 1 août 2026
Statut : code vérifié
Méthodes : Apprentissage
Carte de traçage
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Code des auteurs
adochew/pocket-protacs
Licence : aucune : les auteurs gardent tous leurs droits
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
7396b864ddff039ca0f0f16cfa820af03f2d8f6bLangages : Python (23)
Trouvé : « Data availability »
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- data/01_raw/find_uniprot.py — Python, 44 lignes
- data/02_uniprot/find_pdb.py — Python, 83 lignes
- data/03_pockets_pdbe/find_pockets.py — Python, 124 lignes
- data/04_pockets_p2rank/parse_p2rank.py — Python, 122 lignes
- data/04_pockets_p2rank/run_p2rank.py — Python, 122 lignes
- data/05_select/select_p2rank_pockets.py — Python, 101 lignes
- data/05_select/select_pockets.py — Python, 152 lignes
- data/06_merge/merge_pdbe_p2rank_pockets.py — Python, 22 lignes
- data/07_mask/build_uniprot_pocket_mask.py — Python, 197 lignes
- data/08_supplementation/augment_pocket_features.py — Python, 343 lignes
- data/08_supplementation/cache_structures.py — Python, 70 lignes
- data/09_esm/embed_from_csv_esms.py — Python, 196 lignes
- data/09_esm/make_index.py — Python, 27 lignes
- data_case/output/cases/case_SJ46420_Q15059_Q9Y2U9_4266486f52ad/conformer_viz.py — Python, 64 lignes
- src/case.py — Python, 483 lignes
- src/data_loaders.py — Python, 87 lignes
- src/data_prepare.py — Python, 285 lignes
- src/dataset_protac.py — Python, 205 lignes
- src/main.py — Python, 427 lignes
- src/model_protac.py — Python, 408 lignes
- src/pocket_union.py — Python, 46 lignes
- src/rdkit_conformer.py — Python, 158 lignes
- src/utils_config.py — Python, 89 lignes
- readme.md — Texte, 388 lignes