Systematic benchmarking and optimal strategy selection of cross-species integration methods.
Revue : Briefings in bioinformatics
Parution : Mardi 1 septembre 2026
DOI : 10.1093/bib/bbag490
Statut : code vérifié
Méthodes : Lissage, filtrage d'état, décompositions, Apprentissage, Statistiques, Connectivité
Carte de traçage
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Code des auteurs
figshare:31976259
Licence : CC-BY-4.0
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Trouvé : « Data availability »
37 fichiers
- core_method/BBKNN.py — Python, 117 lignes [lire ici]
- core_method/CCA.R — R, 75 lignes [lire ici]
- core_method/ComBat.R — R, 143 lignes [lire ici]
- core_method/Conos.R — R, 126 lignes [lire ici]
- core_method/FastMNN.R — R, 76 lignes [lire ici]
- core_method/Harmony.R — R, 75 lignes [lire ici]
- core_method/JointPCA.R — R, 73 lignes [lire ici]
- core_method/RPCA.R — R, 78 lignes [lire ici]
- core_method/R_for_all_tasks.R — R, 123 lignes [lire ici]
- core_method/Scanorama.py — Python, 117 lignes [lire ici]
- core_method/python_for_all_tasks.py — Python, 67 lignes [lire ici]
- core_method/scANVI.py — Python, 45 lignes [lire ici]
- core_method/scVI.py — Python, 57 lignes [lire ici]
- evaluation/ARI_LISI/ARI_LISIH5.R — R, 39 lignes [lire ici]
- evaluation/ARI_LISI/ARI_LISIH5pre.py — Python, 48 lignes [lire ici]
- evaluation/ARI_LISI/ARI_LISI_rds.R — R, 122 lignes [lire ici]
- evaluation/ARI_LISI/evaluation_ARI_LISI_R_F.R — R, 277 lignes [lire ici]
- evaluation/ARI_LISI/evaluation_ARI_LISI_py_F.R — R, 226 lignes [lire ici]
- evaluation/ARI_LISI/evaluation_LISI_knn.py — Python, 193 lignes [lire ici]
- evaluation/ARI_LISI/samap_ARI.R — R, 96 lignes [lire ici]
- evaluation/ARI_LISI/samap_ARIpre.py — Python, 57 lignes [lire ici]
- evaluation/ARI_LISI/samap_LISI.py — Python, 37 lignes [lire ici]
- evaluation/ARI_LISI/samap_LISIpre.py — Python, 37 lignes [lire ici]
- evaluation/ASW_NMI/ASW_NMI02.py — Python, 61 lignes [lire ici]
- evaluation/ASW_NMI/evaluation_ASW_NMI.py — Python, 294 lignes [lire ici]
- evaluation/ASW_NMI/samap_ASW_NMI.py — Python, 135 lignes [lire ici]
- evaluation/ASW_NMI/samap_NMIpre.py — Python, 38 lignes [lire ici]
- evaluation/scib/H5_evaluation.py — Python, 120 lignes [lire ici]
- evaluation/scib/export_all_embeddings.R — R, 73 lignes [lire ici]
- evaluation/scib/samap_scibmetric.py — Python, 66 lignes [lire ici]
- evaluation/scib/saturn_evaluation.py — Python, 125 lignes [lire ici]
- evaluation/scib/scib_ccevaluation.py — Python, 166 lignes [lire ici]
- evaluation/scib/scib_evaluation.py — Python, 146 lignes [lire ici]
- model/Scripts/knn.py — Python, 54 lignes [lire ici]
- model/Scripts/predict_overall_score.py — Python, 122 lignes [lire ici]
- model/Scripts/test_prediction.py — Python, 146 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 83 lignes [lire ici]