Single-cell-level perturbation-induced and condition-related signal estimation with batch effect removal using NDreamer.
Revue : Briefings in bioinformatics
Parution : Mardi 1 septembre 2026
DOI : 10.1093/bib/bbag485
Statut : code vérifié
Méthodes : Connectivité, Prétraitement, Apprentissage
Carte de traçage
Proposée automatiquement : ces liens ont été trouvés dans l'article et vérifiés à la source, sans relecture humaine. Elle recevra un DOI Zenodo quand un de ses auteurs l'aura validée avec son ORCID.
Code des auteurs
lugia-xiao/ndreamer
Licence : AGPL-3.0
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
dfff8e9fb8c0a9bb246468d06d42aee5e666b1bfLangages : Python (13), Jupyter (2)
Trouvé : « Code availability »
17 fichiers
- ndreamer/DL_loss_func.py — Python, 701 lignes [lire ici]
- ndreamer/__init__.py — Python, 3 lignes [lire ici]
- ndreamer/data_preprocess.py — Python, 208 lignes [lire ici]
- ndreamer/matching.py — Python, 347 lignes [lire ici]
- ndreamer/metrics.py — Python, 278 lignes [lire ici]
- ndreamer/model.py — Python, 482 lignes [lire ici]
- ndreamer/model_DL.py — Python, 396 lignes [lire ici]
- ndreamer/pipeline.py — Python, 362 lignes [lire ici]
- ndreamer/plot.py — Python, 72 lignes [lire ici]
- ndreamer/single_cell_utils.py — Python, 124 lignes [lire ici]
- ndreamer/statistics.py — Python, 142 lignes [lire ici]
- ndreamer/test.py — Python, 337 lignes [lire ici]
- setup.py — Python, 27 lignes [lire ici]
- tutorial_case_control_T1D.ipynb — Jupyter, 107 lignes [lire ici]
- tutorial_experimental_PBMC.ipynb — Jupyter, 267 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 674 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 152 lignes [lire ici]
lugia-xiao/ndreamer_reproducible
Licence : AGPL-3.0
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
118684aa70fe23fcb60985c54121984a27ede9d2Langages : Jupyter (136), Python (65), R (13)
Trouvé : « Code availability »
29 fichiers
- R_plot_codes/AD_ADNC_code/AD_neurons_GO.R — R, 51 lignes [lire ici]
- R_plot_codes/AD_ADNC_code/AD_respiration_GO.R — R, 36 lignes [lire ici]
- R_plot_codes/AD_ADNC_code/GO_AD.R — R, 48 lignes [lire ici]
- R_plot_codes/AD_ADNC_code/common_genes.R — R, 20 lignes [lire ici]
- R_plot_codes/case_control_code/radar.R — R, 139 lignes [lire ici]
- R_plot_codes/case_control_code/radar_mouse.R — R, 127 lignes [lire ici]
- R_plot_codes/case_control_code/simple_GO.R — R, 52 lignes [lire ici]
- R_plot_codes/case_control_code/simple_GO_mouse.R — R, 46 lignes [lire ici]
- R_plot_codes/experimental_benchmark_plot_codes/ablation.R — R, 43 lignes [lire ici]
- R_plot_codes/experimental_benchmark_plot_codes/overall_plot_experimental.R — R, 92 lignes [lire ici]
- R_plot_codes/experimental_benchmark_plot_codes/plot_experimental.R — R, 93 lignes [lire ici]
- R_plot_codes/experimental_benchmark_plot_codes/plot_experimental_have_batch.R — R, 104 lignes [lire ici]
- R_plot_codes/experimental_benchmark_plot_codes/plot_experimental_have_batch_ndreamer.R — R, 104 lignes [lire ici]
- benchmark/cellanova.ipynb — Jupyter, 160 lignes [lire ici]
- benchmark/cellanova.nbconvert.ipynb — Jupyter, 160 lignes [lire ici]
- benchmark/cinema_ot.ipynb — Jupyter, 140 lignes [lire ici]
- benchmark/cinema_ot.nbconvert.ipynb — Jupyter, 140 lignes [lire ici]
- benchmark/cinema_ot_ITE.ipynb — Jupyter, 113 lignes [lire ici]
- benchmark/cinema_ot_ITE.nbconvert.ipynb — Jupyter, 113 lignes [lire ici]
- benchmark/evaluate_batch.ipynb — Jupyter, 147 lignes [lire ici]
- benchmark/evaluate_batch.nbconvert.ipynb — Jupyter, 147 lignes [lire ici]
- benchmark/evaluate_cellanova.ipynb — Jupyter, 268 lignes [lire ici]
- benchmark/evaluate_scd.ipynb — Jupyter, 291 lignes [lire ici]
- benchmark/get_cellanova_mse.ipynb — Jupyter, 144 lignes [lire ici]
- benchmark/metrics.py — Python, 275 lignes [lire ici]
- benchmark/mixscape.ipynb — Jupyter, 172 lignes [lire ici]
- benchmark/mixscape.nbconvert.ipynb — Jupyter, 172 lignes [lire ici]
- benchmark/plot_cellanova.ipynb — Jupyter, 104 lignes [lire ici]
- limite du dépôt atteinte (2 000 fichiers ou 30 Mo) : la suite est à la source (187 fichiers)
- LICENSE — Licence, 674 lignes [lire ici]