Genetic architectures of brain-related traits are shaped by strong selective constraints.
Revue : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
Parution : Mardi 1 septembre 2026
DOI : 10.1073/pnas.2609814123
Statut : code vérifié
Méthodes : Connectivité, Statistiques, Lissage, filtrage d'état, décompositions, Prétraitement, IRMf et imagerie
Carte de traçage
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Code des auteurs
bulik/ldsc
Licence : AGPL-3.0
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
2fdeeb3b44379408794154993dbd6101b8946b7eLangages : Python (19), MATLAB (4), Perl (1), R (1)
Trouvé : le texte, « Using Stratified LD Score Regression (S-LDSC) to »
27 fichiers
- ContinuousAnnotations/quantile_M.pl — Perl, 241 lignes [lire ici]
- ContinuousAnnotations/quantile_h2g.r — R, 76 lignes [lire ici]
- ldsc.py — Python, 660 lignes [lire ici]
- ldscore/__init__.py — Python, 1 ligne
- ldscore/irwls.py — Python, 196 lignes [lire ici]
- ldscore/jackknife.py — Python, 514 lignes [lire ici]
- ldscore/ldscore.py — Python, 415 lignes [lire ici]
- ldscore/parse.py — Python, 292 lignes [lire ici]
- ldscore/regressions.py — Python, 743 lignes [lire ici]
- ldscore/sumstats.py — Python, 581 lignes [lire ici]
- make_annot.py — Python, 56 lignes [lire ici]
- munge_sumstats.py — Python, 745 lignes [lire ici]
- setup.py — Python, 20 lignes [lire ici]
- test/parse_test/test.l2.M — MATLAB, 1 ligne [lire ici]
- test/parse_test/test1.l2.M — MATLAB, 1 ligne [lire ici]
- test/parse_test/test2.l2.M — MATLAB, 1 ligne [lire ici]
- test/parse_test/test_bad.l2.M — MATLAB, 1 ligne [lire ici]
- test/simulate.py — Python, 81 lignes [lire ici]
- test/test_irwls.py — Python, 69 lignes [lire ici]
- test/test_jackknife.py — Python, 267 lignes [lire ici]
- test/test_ldscore.py — Python, 111 lignes [lire ici]
- test/test_munge_sumstats.py — Python, 358 lignes [lire ici]
- test/test_parse.py — Python, 129 lignes [lire ici]
- test/test_regressions.py — Python, 342 lignes [lire ici]
- test/test_sumstats.py — Python, 487 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 675 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 122 lignes [lire ici]
huishengz/cns-selection
Licence : aucune : les auteurs gardent tous leurs droits
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
cff83096f0ca242980b30769973e0b3b222bd7ebLangages : R (17), Shell (13), MATLAB (11), Jupyter (3)
Trouvé : « Data, Materials, and Software Availability »
45 fichiers, à lire à la source
Ce dépôt n'a pas de licence : ses auteurs gardent tous leurs droits. Lisez-le à la source.
- scripts/gwas_analyses/01_prep_gcta.R — R, 43 lignes
- scripts/gwas_analyses/01_prep_submit_cojo.sh — Shell, 47 lignes
- scripts/gwas_analyses/02_cojo.sh — Shell, 65 lignes
- scripts/gwas_analyses/03_collect_cojo.R — R, 57 lignes
- scripts/gwas_analyses/03_collect_hits.sh — Shell, 46 lignes
- scripts/gwas_analyses/04_munge_sumstats.sh — Shell, 39 lignes
- scripts/gwas_analyses/05_sldsc.sh — Shell, 24 lignes
- scripts/gwas_analyses/05_submit_sldsc.sh — Shell, 15 lignes
- scripts/gwas_analyses/06_collect_sldsc_z.sh — Shell, 38 lignes
- scripts/gwas_analyses/07_sldsc_metaanalysis_ACAT.R — R, 44 lignes
- scripts/gwas_analyses/get_Nprime.R — R, 24 lignes
- scripts/gwas_analyses/get_independent_traits.R — R, 169 lignes
- scripts/gwas_deflation/01_field_names.ipynb — Jupyter, 97 lignes
- scripts/gwas_deflation/02_extract_phenotypes.ipynb — Jupyter, 82 lignes
- scripts/gwas_deflation/03_process_phenotypes.ipynb — Jupyter, 110 lignes
- scripts/gwas_deflation/04_gwas_original.sh — Shell, 24 lignes
- scripts/gwas_deflation/05_thresholding_downsampling.R — R, 67 lignes
- scripts/gwas_deflation/06_gwas_deflated.sh — Shell, 53 lignes
- scripts/inference_and_simulations/01_inference.sh — Shell, 61 lignes
- scripts/inference_and_simulations/02_job.sh — Shell, 22 lignes
- scripts/inference_and_simulations/02_submit_jobs.sh — Shell, 24 lignes
- scripts/inference_and_simulations/11_simulations.sh — Shell, 21 lignes
- scripts/inference_and_simulations/collate_boot.m — MATLAB, 87 lignes
- scripts/inference_and_simulations/collate_jack.m — MATLAB, 132 lignes
- scripts/inference_and_simulations/do_inference.m — MATLAB, 191 lignes
- scripts/inference_and_simulations/infer_this_data.m — MATLAB, 175 lignes
- scripts/inference_and_simulations/make_datafile_from_cojo.m — MATLAB, 117 lignes
- scripts/inference_and_simulations/preprocess.m — MATLAB, 53 lignes
- scripts/inference_and_simulations/run_simulation_changeL.m — MATLAB, 29 lignes
- scripts/inference_and_simulations/run_simulation_differentfs.m — MATLAB, 40 lignes
- scripts/inference_and_simulations/run_simulation_gwas_prediction.m — MATLAB, 45 lignes
- scripts/inference_and_simulations/simulate_a_no_pleiotropy_trait.m — MATLAB, 99 lignes
- scripts/inference_and_simulations/simulate_a_trait.m — MATLAB, 97 lignes
- scripts/plotting/burden_bootstrap.R — R, 184 lignes
- scripts/plotting/cdf_plots.R — R, 316 lignes
- scripts/plotting/genetic_architecture_2D_plots.R — R, 253 lignes
- scripts/plotting/gwas_deflation_plots.R — R, 139 lignes
- scripts/plotting/gwas_prediction.R — R, 157 lignes
- scripts/plotting/inference_plot.R — R, 289 lignes
- scripts/plotting/manhattan_plots.R — R, 95 lignes
- scripts/plotting/simulation_plots.R — R, 454 lignes
- scripts/plotting/sldsc_plots.R — R, 145 lignes
- supplement/trait_specific_fs.R — R, 122 lignes
- supplement/wgs_h2_comparison.R — R, 108 lignes
- README.md — Texte, 1 ligne