Spatial isoform sequencing at single-cell resolution reveals cell-type-specific spatial isoform variability in multiple brain cell types.
Revue : Nature methods
Parution : Vendredi 4 septembre 2026
Statut : code vérifié
Méthodes : Connectivité, Statistiques, Apprentissage, IRMf et imagerie
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Code des auteurs
dmcable/spacexr
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- misc/all_commands.sh — Shell, 106 lignes [lire ici]
- misc/assess_allinfo_quality.py — Python, 191 lignes [lire ici]
- misc/assess_assignment_quality.py — Python, 451 lignes [lire ici]
- misc/assess_barcode_quality.py — Python, 625 lignes [lire ici]
- misc/assess_fusion_quality.py — Python, 142 lignes [lire ici]
- misc/assess_polya_prediction.py — Python, 422 lignes [lire ici]
- misc/assess_quantification.py — Python, 258 lignes [lire ici]
- misc/common.py — Python, 161 lignes [lire ici]
- misc/copyrighter.py — Python, 170 lignes [lire ici]
- misc/correction_only.py — Python, 109 lignes [lire ici]
- misc/correction_stats.py — Python, 154 lignes [lire ici]
- misc/create_stereo_test_subsets.py — Python, 117 lignes [lire ici]
- misc/create_test_barcodes.py — Python, 81 lignes [lire ici]
- misc/denovo_analyse.py — Python, 116 lignes [lire ici]
- misc/denovo_model_stats.py — Python, 128 lignes [lire ici]
- misc/gtf_stats.py — Python, 231 lignes [lire ici]
- misc/isoseq_quantification.py — Python, 183 lignes [lire ici]
- misc/nanosim_quantification.py — Python, 208 lignes [lire ici]
- misc/prepare_simulated_reduced_db.py — Python, 114 lignes [lire ici]
- misc/quantification_stats.py — Python, 167 lignes [lire ici]
- misc/reduced_db_gffcompare.py — Python, 79 lignes [lire ici]
- misc/short_utils.py — Python, 32 lignes [lire ici]
- misc/split_gffcompare.py — Python, 61 lignes [lire ici]
- misc/tpm_stats_precision.py — Python, 170 lignes [lire ici]
- misc/tpm_stats_recall.py — Python, 122 lignes [lire ici]
- misc/train_polya_tss_model.py — Python, 118 lignes [lire ici]
- splisoquant.py — Python, 1 479 lignes [lire ici]
- splisoquant_detect_barcodes.py — Python, 122 lignes [lire ici]
- splisoquant_visualize.py — Python, 184 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 60 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 170 lignes [lire ici]
tilgnerlab/spl-isofind
Licence : MIT
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
8d2f9f7186e36e63991eeabea20a31060aa3438dLangages : Jupyter (6), Python (5)
Trouvé : « Code availability »
13 fichiers
- docs/conf.py — Python, 25 lignes [lire ici]
- docs/notebooks/Tutorial - moran's I.ipynb — Jupyter, 194 lignes [lire ici]
- docs/notebooks/Tutorial - plot examples.ipynb — Jupyter, 156 lignes [lire ici]
- docs/notebooks/Tutorial - predefined regions.ipynb — Jupyter, 156 lignes [lire ici]
- src/SplIsoFind/__init__.py — Python, 15 lignes [lire ici]
- src/SplIsoFind/plotting.py — Python, 712 lignes [lire ici]
- src/SplIsoFind/preprocess.py — Python, 723 lignes [lire ici]
- src/SplIsoFind/spatially_variable.py — Python, 619 lignes [lire ici]
- tutorials/Tutorial - moran's I.ipynb — Jupyter, 194 lignes [lire ici]
- tutorials/Tutorial - plot examples.ipynb — Jupyter, 156 lignes [lire ici]
- tutorials/Tutorial - predefined regions.ipynb — Jupyter, 156 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 21 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 22 lignes [lire ici]
tilgnerlab/spl-isofind_reproducibility
Licence : MIT
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
3523c8de326e884f213a3a412fe36163091f17beLangages : Python (7), Jupyter (4)
Trouvé : « Code availability »
13 fichiers
- figures/Figure 1.ipynb — Jupyter, 275 lignes [lire ici]
- figures/Figure 3.ipynb — Jupyter, 140 lignes [lire ici]
- figures/Figure 4.ipynb — Jupyter, 641 lignes [lire ici]
- figures/Figure 5.ipynb — Jupyter, 472 lignes [lire ici]
- figures/fig2/plot_panel_f_prec_recall.py — Python, 48 lignes [lire ici]
- figures/fig2/plot_panels_de_barcodes_stats.py — Python, 43 lignes [lire ici]
- misc/barcodes_seq_to_spot_id.py — Python, 108 lignes [lire ici]
- simulation/assess_barcode_quality.py — Python, 625 lignes [lire ici]
- simulation/assess_visium_barcodes.py — Python, 137 lignes [lire ici]
- simulation/bam2tsv.py — Python, 35 lignes [lire ici]
- simulation/simulate_barcoded.py — Python, 213 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 21 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 42 lignes [lire ici]