Innervated human cardiac muscle model reveals sympathetic drivers of KCNH2-associated arrhythmias.
Revue : Nature communications
Parution : Mercredi 2 septembre 2026
Statut : code vérifié
Méthodes : Statistiques, Lissage, filtrage d'état, décompositions, Apprentissage, Prétraitement, Connectivité, Activité unitaire, imagerie calcique
Carte de traçage
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Code des auteurs
danihae/bio-image-unet
Licence : MIT
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
ec8a04a93849963e3c76a64f538dc1761ce79b63Langages : Python (59), Jupyter (2)
Trouvé : « Code availability »
63 fichiers
- bio_image_unet/__init__.py — Python, 2 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/multi_output_unet/__init__.py — Python, 11 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/multi_output_unet/data.py — Python, 349 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/multi_output_unet/losses.py — Python, 189 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/multi_output_unet/multi_output_nested_unet.py — Python, 269 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/multi_output_unet/multi_output_unet.py — Python, 134 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/multi_output_unet/predict.py — Python, 335 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/multi_output_unet/train.py — Python, 407 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/multi_output_unet3d/__init__.py — Python, 10 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/multi_output_unet3d/data.py — Python, 267 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/multi_output_unet3d/losses.py — Python, 298 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/multi_output_unet3d/multi_output_unet3d.py — Python, 170 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/multi_output_unet3d/predict.py — Python, 325 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/multi_output_unet3d/train.py — Python, 273 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/progress/__init__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
- bio_image_unet/progress/progressnotifier.py — Python, 138 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/__init__.py — Python, 17 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/data.py — Python, 289 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/helpers/__cpu_count__.py — Python, 7 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/helpers/__md5sum__.py — Python, 24 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/helpers/average_tifs.py — Python, 43 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/helpers/create_pixel_value_histogram.py — Python, 46 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/helpers/cuda_test.py — Python, 13 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/helpers/extract_frame_of_movie.py — Python, 42 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/helpers/find_frame_of_image.py — Python, 93 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/helpers/generate_plain_image.py — Python, 19 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/helpers/generate_siam_unet_input_imgs.py — Python, 127 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/helpers/low_mem_tif_utils.py — Python, 45 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/helpers/threshold_images.py — Python, 37 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/helpers/tif_to_mp4.py — Python, 74 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/helpers/util.py — Python, 104 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/losses.py — Python, 286 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/predict.py — Python, 242 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/siam_unet.py — Python, 148 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/siam_unet/train.py — Python, 172 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/unet/__init__.py — Python, 12 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/unet/attention_unet.py — Python, 181 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/unet/baby_unet.py — Python, 93 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/unet/data.py — Python, 266 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/unet/losses.py — Python, 240 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/unet/predict.py — Python, 231 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/unet/train.py — Python, 198 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/unet/unet.py — Python, 104 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/unet/unet_v0.py — Python, 106 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/unet3d/__init__.py — Python, 10 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/unet3d/data.py — Python, 260 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/unet3d/losses.py — Python, 240 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/unet3d/predict.py — Python, 197 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/unet3d/train.py — Python, 217 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/unet3d/unet3d.py — Python, 99 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/utils/__init__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
- bio_image_unet/utils/image_annotator.py — Python, 162 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/utils/model_cache.py — Python, 104 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/utils/test.py — Python, 137 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/utils/tiling.py — Python, 450 lignes [lire ici]
- bio_image_unet/utils/utils.py — Python, 80 lignes [lire ici]
- tests/test_package_api.py — Python, 68 lignes [lire ici]
- tests/test_predict_shapes.py — Python, 245 lignes [lire ici]
- tests/test_tiling.py — Python, 335 lignes [lire ici]
- using_siam_unet.ipynb — Jupyter, 322 lignes [lire ici]
- using_unet.ipynb — Jupyter, 210 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 21 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 16 lignes [lire ici]
danihae/iehm-analysis
Licence : MIT
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
871cb79f2c35ee83fc461e0eb2b35f5674582521Langages : Jupyter (4), Python (2)
Trouvé : « Code availability »
8 fichiers
- notebooks/analysis.ipynb — Jupyter, 46 lignes [lire ici]
- notebooks/data_download.ipynb — Jupyter, 110 lignes [lire ici]
- notebooks/training.ipynb — Jupyter, 111 lignes [lire ici]
- notebooks/training_data_generation.ipynb — Jupyter, 80 lignes [lire ici]
- src/iehm/__init__.py — Python, 23 lignes [lire ici]
- src/iehm/analysis.py — Python, 299 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 21 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 141 lignes [lire ici]