A massively parallel CRISPR-based screening platform for modifiers of neuronal depolarization.
Revue : Nature communications
Parution : Samedi 1 août 2026
Statut : code vérifié
Méthodes : Statistiques, Lissage, filtrage d'état, décompositions, Activité unitaire, imagerie calcique
Carte de traçage
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Code des auteurs
noamteyssier/sgcount
Licence : MIT
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
c33819359d78986185e12881caaa4a0d96e995d6Langages : Rust (10)
Trouvé : « Code availability »
11 fichiers
- src/count.rs — Rust, 148 lignes [lire ici]
- src/counter.rs — Rust, 383 lignes [lire ici]
- src/genemap.rs — Rust, 157 lignes [lire ici]
- src/library.rs — Rust, 137 lignes [lire ici]
- src/main.rs — Rust, 203 lignes [lire ici]
- src/offsetter.rs — Rust, 363 lignes [lire ici]
- src/permutes.rs — Rust, 254 lignes [lire ici]
- src/progress.rs — Rust, 106 lignes [lire ici]
- src/results.rs — Rust, 178 lignes [lire ici]
- src/utils.rs — Rust, 105 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 44 lignes [lire ici]
noamteyssier/crispr_screen
Licence : MIT
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
82e282c725dc3883df13e9618b1b00a739815f4bLangages : Rust (34), JavaScript (2)
Trouvé : « Code availability »
38 fichiers
- doc/theme/book.js — JavaScript, 679 lignes [lire ici]
- doc/theme/highlight.js — JavaScript, 6 lignes [lire ici]
- src/aggregation/compute_aggregation.rs — Rust, 381 lignes [lire ici]
- src/aggregation/mod.rs — Rust, 138 lignes [lire ici]
- src/aggregation/results.rs — Rust, 184 lignes [lire ici]
- src/aggregation/utils.rs — Rust, 217 lignes [lire ici]
- src/cli.rs — Rust, 308 lignes [lire ici]
- src/differential_expression.rs — Rust, 102 lignes [lire ici]
- src/enrich/enrichment_testing.rs — Rust, 342 lignes [lire ici]
- src/enrich/mod.rs — Rust, 22 lignes [lire ici]
- src/enrich/results.rs — Rust, 183 lignes [lire ici]
- src/io/gene_frame.rs — Rust, 113 lignes [lire ici]
- src/io/mod.rs — Rust, 12 lignes [lire ici]
- src/io/screenviz.rs — Rust, 350 lignes [lire ici]
- src/io/sgrna_frame.rs — Rust, 45 lignes [lire ici]
- src/io/utils.rs — Rust, 201 lignes [lire ici]
- src/main.rs — Rust, 304 lignes [lire ici]
- src/model/logged_ols.rs — Rust, 199 lignes [lire ici]
- src/model/math.rs — Rust, 44 lignes [lire ici]
- src/model/mod.rs — Rust, 28 lignes [lire ici]
- src/model/model_mean_variance.rs — Rust, 27 lignes [lire ici]
- src/model/ols.rs — Rust, 106 lignes [lire ici]
- src/model/sqmean.rs — Rust, 28 lignes [lire ici]
- src/model/wols.rs — Rust, 102 lignes [lire ici]
- src/norm/median_ratio_norm.rs — Rust, 83 lignes [lire ici]
- src/norm/mod.rs — Rust, 8 lignes [lire ici]
- src/norm/normalize_counts.rs — Rust, 34 lignes [lire ici]
- src/norm/total_norm.rs — Rust, 43 lignes [lire ici]
- src/resample.rs — Rust, 136 lignes [lire ici]
- src/run_aggregation.rs — Rust, 64 lignes [lire ici]
- src/utils/agg.rs — Rust, 82 lignes [lire ici]
- src/utils/config.rs — Rust, 108 lignes [lire ici]
- src/utils/filter.rs — Rust, 134 lignes [lire ici]
- src/utils/logging.rs — Rust, 364 lignes [lire ici]
- src/utils/math.rs — Rust, 103 lignes [lire ici]
- src/utils/mod.rs — Rust, 19 lignes [lire ici]
- LICENSE.md — Licence, 7 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 112 lignes [lire ici]
noamteyssier/adpbulk
Licence : MIT
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
20ab1f6eaa3a81843cd74905dde705a2e90bd2fbLangages : Python (3)
Trouvé : « Code availability »
5 fichiers
- adpbulk/__init__.py — Python, 5 lignes [lire ici]
- adpbulk/adpbulk.py — Python, 285 lignes [lire ici]
- tests/test_adpbulk.py — Python, 214 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 21 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 155 lignes [lire ici]
noamteyssier/cshift
Licence : MIT
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
f2322154b73ed907c03215ea5ba898f5a3abdd57Langages : Python (6)
Trouvé : « Code availability »
8 fichiers
- cshift/__init__.py — Python, 2 lignes [lire ici]
- cshift/__version__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
- cshift/cshift.py — Python, 205 lignes [lire ici]
- cshift/utils.py — Python, 84 lignes [lire ici]
- setup.py — Python, 12 lignes [lire ici]
- tests/test_cshift.py — Python, 97 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 21 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 93 lignes [lire ici]
noamteyssier/idea
Licence : MIT
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
e4027495e73201ac305c96e3f7708575c2c1de35Langages : Python (6)
Trouvé : « Code availability »
8 fichiers
- docs/conf.py — Python, 41 lignes [lire ici]
- idea/__init__.py — Python, 10 lignes [lire ici]
- idea/_constants.py — Python, 14 lignes [lire ici]
- idea/_go.py — Python, 72 lignes [lire ici]
- idea/_idea.py — Python, 424 lignes [lire ici]
- idea/_utils.py — Python, 33 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 21 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 23 lignes [lire ici]
Zenodo 12774353
Licence : CC-BY-4.0
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Trouvé : les références
11 fichiers
- src/count.rs — Rust, 144 lignes [lire ici]
- src/counter.rs — Rust, 383 lignes [lire ici]
- src/genemap.rs — Rust, 150 lignes [lire ici]
- src/library.rs — Rust, 137 lignes [lire ici]
- src/main.rs — Rust, 203 lignes [lire ici]
- src/offsetter.rs — Rust, 363 lignes [lire ici]
- src/permutes.rs — Rust, 254 lignes [lire ici]
- src/progress.rs — Rust, 106 lignes [lire ici]
- src/results.rs — Rust, 178 lignes [lire ici]
- src/utils.rs — Rust, 99 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 43 lignes [lire ici]
Zenodo 12774305
Licence : CC-BY-4.0
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Trouvé : les références
38 fichiers
- doc/theme/book.js — JavaScript, 679 lignes [lire ici]
- doc/theme/highlight.js — JavaScript, 6 lignes [lire ici]
- src/aggregation/compute_aggregation.rs — Rust, 280 lignes [lire ici]
- src/aggregation/mod.rs — Rust, 118 lignes [lire ici]
- src/aggregation/results.rs — Rust, 185 lignes [lire ici]
- src/aggregation/utils.rs — Rust, 217 lignes [lire ici]
- src/cli.rs — Rust, 207 lignes [lire ici]
- src/differential_expression.rs — Rust, 93 lignes [lire ici]
- src/enrich/enrichment_testing.rs — Rust, 218 lignes [lire ici]
- src/enrich/mod.rs — Rust, 4 lignes [lire ici]
- src/enrich/results.rs — Rust, 183 lignes [lire ici]
- src/io/gene_frame.rs — Rust, 109 lignes [lire ici]
- src/io/hit_list.rs — Rust, 205 lignes [lire ici]
- src/io/mod.rs — Rust, 11 lignes [lire ici]
- src/io/screenviz.rs — Rust, 351 lignes [lire ici]
- src/io/sgrna_frame.rs — Rust, 106 lignes [lire ici]
- src/io/simple_frame.rs — Rust, 578 lignes [lire ici]
- src/main.rs — Rust, 205 lignes [lire ici]
- src/model/logged_ols.rs — Rust, 199 lignes [lire ici]
- src/model/math.rs — Rust, 44 lignes [lire ici]
- src/model/mod.rs — Rust, 28 lignes [lire ici]
- src/model/model_mean_variance.rs — Rust, 27 lignes [lire ici]
- src/model/ols.rs — Rust, 106 lignes [lire ici]
- src/model/sqmean.rs — Rust, 28 lignes [lire ici]
- src/model/wols.rs — Rust, 102 lignes [lire ici]
- src/norm/median_ratio_norm.rs — Rust, 83 lignes [lire ici]
- src/norm/mod.rs — Rust, 8 lignes [lire ici]
- src/norm/normalize_counts.rs — Rust, 34 lignes [lire ici]
- src/norm/total_norm.rs — Rust, 43 lignes [lire ici]
- src/run_aggregation.rs — Rust, 60 lignes [lire ici]
- src/utils/agg.rs — Rust, 82 lignes [lire ici]
- src/utils/config.rs — Rust, 150 lignes [lire ici]
- src/utils/filter.rs — Rust, 74 lignes [lire ici]
- src/utils/logging.rs — Rust, 277 lignes [lire ici]
- src/utils/math.rs — Rust, 27 lignes [lire ici]
- src/utils/mod.rs — Rust, 19 lignes [lire ici]
- LICENSE.md — Licence, 7 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 107 lignes [lire ici]
Zenodo 20736458
Licence : MIT
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Trouvé : les références
5 fichiers
- adpbulk/__init__.py — Python, 5 lignes [lire ici]
- adpbulk/adpbulk.py — Python, 285 lignes [lire ici]
- tests/test_adpbulk.py — Python, 214 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 21 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 153 lignes [lire ici]
Zenodo 20736463
Licence : MIT
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Trouvé : les références
8 fichiers
- cshift/__init__.py — Python, 2 lignes [lire ici]
- cshift/__version__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
- cshift/cshift.py — Python, 205 lignes [lire ici]
- cshift/utils.py — Python, 84 lignes [lire ici]
- setup.py — Python, 12 lignes [lire ici]
- tests/test_cshift.py — Python, 97 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 21 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 91 lignes [lire ici]
Zenodo 20736467
Licence : MIT
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Trouvé : les références
8 fichiers
- docs/conf.py — Python, 41 lignes [lire ici]
- idea/__init__.py — Python, 10 lignes [lire ici]
- idea/_constants.py — Python, 14 lignes [lire ici]
- idea/_go.py — Python, 72 lignes [lire ici]
- idea/_idea.py — Python, 424 lignes [lire ici]
- idea/_utils.py — Python, 33 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 21 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 21 lignes [lire ici]