The membrane-to-cortex distance regulates mDia1 activity to control cortical mechanics.
Revue : Nature communications
Parution : Vendredi 4 septembre 2026
Statut : code vérifié
Méthodes : Connectivité, Potentiels évoqués, Apprentissage, IRMf et imagerie, Prétraitement
Carte de traçage
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Code des auteurs
jvermeil-biophys/cortexplore_publicversion
Licence : AGPL-3.0
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
ffddc269c9507e067bf38001d2d0619954a59cf8Langages : Python (17)
Trouvé : le texte, « Magnetic pincher »
19 fichiers
- Code_Python/Archived_Code/BeadTracker.py — Python, 3 122 lignes [lire ici]
- Code_Python/BeadsCalibration.py — Python, 801 lignes [lire ici]
- Code_Python/Code_NewUser/MainAnalyzer_NewUser.py — Python, 158 lignes [lire ici]
- Code_Python/Code_NewUser/MainDepthoMaker_NewUser.py — Python, 125 lignes [lire ici]
- Code_Python/Code_NewUser/MainPlotter_NewUser.py — Python, 1 364 lignes [lire ici]
- Code_Python/Code_NewUser/MainTracker_NewUser.py — Python, 191 lignes [lire ici]
- Code_Python/Code_NewUser2/MainAnalyzer_NewUser.py — Python, 158 lignes [lire ici]
- Code_Python/Code_NewUser2/MainDepthoMaker_NewUser.py — Python, 125 lignes [lire ici]
- Code_Python/Code_NewUser2/MainPlotter_NewUser.py — Python, 1 364 lignes [lire ici]
- Code_Python/Code_NewUser2/MainTracker_NewUser.py — Python, 191 lignes [lire ici]
- Code_Python/CortexPaths.py — Python, 240 lignes [lire ici]
- Code_Python/GlobalConstants.py — Python, 30 lignes [lire ici]
- Code_Python/GraphicStyles.py — Python, 201 lignes [lire ici]
- Code_Python/ImagesPreprocessing.py — Python, 515 lignes [lire ici]
- Code_Python/SimpleBeadTracker.py — Python, 2 320 lignes [lire ici]
- Code_Python/TrackAnalyser.py — Python, 2 531 lignes [lire ici]
- Code_Python/UtilityFunctions.py — Python, 1 386 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 674 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 32 lignes [lire ici]
mahamidlab/actin_cortex_analysis
Licence : AGPL-3.0
État : le lien répond
Preuve : fichiers inventoriés
Commit :
819e80c9f6eaf55845c0cea39303e55339f683f0Langages : Jupyter (17), Python (9), R (9), Shell (2), MATLAB (1)
Trouvé : « Code availability »
40 fichiers
- branch_detection_validation/branch_analysis.ipynb — Jupyter, 557 lignes [lire ici]
- branch_detection_validation/branch_check_daughter_exists.ipynb — Jupyter, 120 lignes [lire ici]
- branch_detection_validation/branch_check_mother_daughter.ipynb — Jupyter, 77 lignes [lire ici]
- branch_detection_validation/branch_compare.ipynb — Jupyter, 175 lignes [lire ici]
- branch_detection_validation/branches_on_filament.ipynb — Jupyter, 207 lignes [lire ici]
- branch_detection_validation/calculate_local_orientation.ipynb — Jupyter, 95 lignes [lire ici]
- branch_detection_validation/utils.py — Python, 452 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/R_visualizations/Memb_actin_dist_ang_line_plot.R — R, 36 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/R_visualizations/Memb_actin_dist_plot.R — R, 62 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/R_visualizations/Memb_actin_dist_plot_5_bin.R — R, 60 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/R_visualizations/Plot_branches.R — R, 171 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/R_visualizations/Plot_bundles.R — R, 173 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/R_visualizations/R_plots_from_tomogram_summary.R — R, 189 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/R_visualizations/actin_amount_plot.R — R, 139 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/R_visualizations/actin_dist_ang_histogram.R — R, 20 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/R_visualizations/individual_cell_memb_actin_dist_plot.R — R, 32 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/branch_analysis/branch_analysis.ipynb — Jupyter, 320 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/bundle_analysis/bundle_analysis.ipynb — Jupyter, 268 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/bundle_analysis/bundle_identification.ipynb — Jupyter, 128 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/filament_segmentation_to_coordinates/cluster_python/._filament_segmentation_to_coordinates.sh — Shell
- jupyter_based_processing/filament_segmentation_to_coordinates/cluster_python/filament_segmentation_to_coordinates.py — Python, 153 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/filament_segmentation_to_coordinates/cluster_python/filament_segmentation_to_coordinates.sh — Shell, 16 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/filament_segmentation_to_coordinates/cluster_python/utils.py — Python, 478 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/filament_segmentation_to_coordinates/jupyter/filament_segmentation_to_coordinates.ipynb — Jupyter, 147 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/filament_segmentation_to_coordinates/jupyter/utils.py — Python, 478 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/local_orientation/calculate_local_orientation.ipynb — Jupyter, 67 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/memb_fil_angle/memb_fil_angle.ipynb — Jupyter, 147 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/memb_fil_distance/memb_fil_distance.ipynb — Jupyter, 282 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/memb_surface_area_calculation/memb_area_calc.m — MATLAB, 42 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/misc_functions/misc_functions.ipynb — Jupyter, 253 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/old_code/Organize_data.ipynb — Jupyter, 465 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/old_code/actin_analysis_pipeline.ipynb — Jupyter, 2 290 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/separation_by_cell/jupyter/separation_by_cell.ipynb — Jupyter, 227 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/separation_by_cell/jupyter/utils.py — Python, 478 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/separation_by_cell/python_cluster/quality_check_and_reindexing.py — Python, 137 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/separation_by_cell/python_cluster/separation_by_cell.py — Python, 183 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/separation_by_cell/python_cluster/utils.py — Python, 478 lignes [lire ici]
- jupyter_based_processing/setup.py — Python, 19 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 674 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 19 lignes [lire ici]