Predicting Enzyme pH Optima from Structure Using Equivariant Graph Neural Networks.
Revue : Journal of chemical information and modeling
Parution : Samedi 1 août 2026
DOI : 10.1021/acs.jcim.6c01482
Statut : code vérifié
Méthodes : Statistiques, Connectivité, Apprentissage
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Code des auteurs
Zenodo 18405148
Licence : CC-BY-4.0
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kuenzelab/phoptnn
Licence : MIT
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Commit :
137effbe66693a9b8233ee8eb522c4e282c9ae2dLangages : Python (38), Shell (1)
Trouvé : déclaration de disponibilité
41 fichiers
- Analysis/fetch_active_sites.py — Python, 180 lignes [lire ici]
- Analysis/filter_files.py — Python, 95 lignes [lire ici]
- Analysis/map_active_sites_to_pdb.py — Python, 189 lignes [lire ici]
- Analysis/run_bulk_mapping_from_csv.py — Python, 216 lignes [lire ici]
- EGNN/additional_classes.py — Python, 243 lignes [lire ici]
- EGNN/attention2pdb.py — Python, 308 lignes [lire ici]
- EGNN/constants.py — Python, 58 lignes [lire ici]
- EGNN/create_pyg_dataset.py — Python, 418 lignes [lire ici]
- EGNN/models/__init__.py — Python, 2 lignes [lire ici]
- EGNN/models/ae.py — Python, 161 lignes [lire ici]
- EGNN/models/egnn.py — Python, 151 lignes [lire ici]
- EGNN/models/gcl.py — Python, 351 lignes [lire ici]
- EGNN/predict.py — Python, 424 lignes [lire ici]
- EGNN/qm9/__init__.py — Python, 1 ligne
- EGNN/qm9/args.py — Python, 295 lignes [lire ici]
- EGNN/qm9/data/__init__.py — Python, 3 lignes [lire ici]
- EGNN/qm9/data/collate.py — Python, 93 lignes [lire ici]
- EGNN/qm9/data/dataset.py — Python, 90 lignes [lire ici]
- EGNN/qm9/data/prepare/__init__.py — Python, 4 lignes [lire ici]
- EGNN/qm9/data/prepare/download.py — Python, 80 lignes [lire ici]
- EGNN/qm9/data/prepare/md17.py — Python, 110 lignes [lire ici]
- EGNN/qm9/data/prepare/process.py — Python, 202 lignes [lire ici]
- EGNN/qm9/data/prepare/qm9.py — Python, 231 lignes [lire ici]
- EGNN/qm9/data/prepare/utils.py — Python, 60 lignes [lire ici]
- EGNN/qm9/data/utils.py — Python, 144 lignes [lire ici]
- EGNN/qm9/dataset.py — Python, 92 lignes [lire ici]
- EGNN/qm9/models.py — Python, 151 lignes [lire ici]
- EGNN/qm9/utils.py — Python, 37 lignes [lire ici]
- EGNN/rsa_anlysis.py — Python, 549 lignes [lire ici]
- EGNN/train.py — Python, 373 lignes [lire ici]
- EGNN/utils.py — Python, 319 lignes [lire ici]
- EGNN/utils_Yang_lds.py — Python, 168 lignes [lire ici]
- GCN/constants.py — Python, 58 lignes [lire ici]
- GCN/create_pyg_dataset.py — Python, 348 lignes [lire ici]
- GCN/train.py — Python, 534 lignes [lire ici]
- GCN/train_hpo_EA.py — Python, 724 lignes [lire ici]
- GCN/utils.py — Python, 367 lignes [lire ici]
- install.sh — Shell, 100 lignes [lire ici]
- phoptnn_interface.py — Python, 227 lignes [lire ici]
- LICENSE — Licence, 21 lignes [lire ici]
- README.md — Texte, 239 lignes [lire ici]