SMILES2Docking: An Open-Source Desktop Workflow for Ligand Ionization, Stereochemistry-Aware Preparation and Semi-Empirical 3D Refinement.

Revue : Molecular informatics

Parution : Mardi 1 septembre 2026

Statut : code vérifié

Méthodes : Potentiels évoqués, Apprentissage

Carte de traçage

Proposée automatiquement : ces liens ont été trouvés dans l'article et vérifiés à la source, sans relecture humaine. Elle recevra un DOI Zenodo quand un de ses auteurs l'aura validée avec son ORCID.

Code des auteurs

amgoncalvesusp/smiles2docking

Licence : GPL-2.0

État : le lien répond

Preuve : fichiers inventoriés

Commit : 58b7317dd23469321389c47f9bde6ed932be1c19

Langages : Python (78), Shell (2)

Trouvé : « Data Availability Statement »

82 fichiers

packaging/linux/build_portable.sh — Shell, 81 lignes [lire ici]
packaging/linux/run_smiles2docking.sh — Shell, 12 lignes [lire ici]
packaging/pyinstaller_qt_runtime.py — Python, 28 lignes [lire ici]
scripts/benchmark.py — Python, 139 lignes [lire ici]
scripts/create_publication_workflow_docx.py — Python, 142 lignes [lire ici]
scripts/run_gui.py — Python, 26 lignes [lire ici]
scripts/run_workflow.py — Python, 100 lignes [lire ici]
src/__init__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
src/app_metadata.py — Python, 14 lignes [lire ici]
src/database/__init__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
src/database/spreadsheet_source.py — Python, 70 lignes [lire ici]
src/export/__init__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
src/export/mol2_writer.py — Python, 228 lignes [lire ici]
src/export/pdbqt_writer.py — Python, 119 lignes [lire ici]
src/gui/__init__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
src/gui/main_window.py — Python, 1 472 lignes [lire ici]
src/preprocessing/__init__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
src/preprocessing/smiles_cleaner.py — Python, 102 lignes [lire ici]
src/protonation/__init__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
src/protonation/base.py — Python, 42 lignes [lire ici]
src/protonation/charge_normalization.py — Python, 67 lignes [lire ici]
src/protonation/dimorphite_adapter.py — Python, 173 lignes [lire ici]
src/protonation/factory.py — Python, 53 lignes [lire ici]
src/protonation/molgpka/__init__.py — Python, 7 lignes [lire ici]
src/protonation/molgpka/descriptor.py — Python, 131 lignes [lire ici]
src/protonation/molgpka/gcn_conv.py — Python, 120 lignes [lire ici]
src/protonation/molgpka/inits.py — Python, 47 lignes [lire ici]
src/protonation/molgpka/ionization_group.py — Python, 90 lignes [lire ici]
src/protonation/molgpka/net.py — Python, 58 lignes [lire ici]
src/protonation/molgpka/predict_pka.py — Python, 91 lignes [lire ici]
src/protonation/molgpka_adapter.py — Python, 222 lignes [lire ici]
src/protonation/openbabel_adapter.py — Python, 169 lignes [lire ici]
src/quantum/__init__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
src/quantum/mopac_adapter.py — Python, 268 lignes [lire ici]
src/quantum/mopac_methods.py — Python, 88 lignes [lire ici]
src/structure_generation/__init__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
src/structure_generation/builder.py — Python, 120 lignes [lire ici]
src/tautomer/__init__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
src/tautomer/base.py — Python, 13 lignes [lire ici]
src/tautomer/factory.py — Python, 30 lignes [lire ici]
src/tautomer/rdkit_adapter.py — Python, 49 lignes [lire ici]
src/tautomer/sphysnet_adapter.py — Python, 156 lignes [lire ici]
src/utils/__init__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
src/utils/app_paths.py — Python, 60 lignes [lire ici]
src/utils/config.py — Python, 133 lignes [lire ici]
src/utils/logging_utils.py — Python, 31 lignes [lire ici]
src/utils/models.py — Python, 110 lignes [lire ici]
src/utils/reporting.py — Python, 19 lignes [lire ici]
src/utils/runtime.py — Python, 146 lignes [lire ici]
src/utils/torch_preimport.py — Python, 24 lignes [lire ici]
src/validation/__init__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
src/validation/structure_validator.py — Python, 302 lignes [lire ici]
src/visualization/__init__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
src/visualization/structure_panels.py — Python, 99 lignes [lire ici]
src/workflow/__init__.py — Python, 1 ligne [lire ici]
src/workflow/pipeline.py — Python, 732 lignes [lire ici]
tests/conftest.py — Python, 9 lignes [lire ici]
tests/test_app_paths.py — Python, 58 lignes [lire ici]
tests/test_charge_normalization.py — Python, 52 lignes [lire ici]
tests/test_config_paths.py — Python, 30 lignes [lire ici]
tests/test_molgpka_adapter.py — Python, 101 lignes [lire ici]
tests/test_mopac_adapter.py — Python, 191 lignes [lire ici]
tests/test_openbabel_protonator.py — Python, 26 lignes [lire ici]
tests/test_pipeline_parallel.py — Python, 141 lignes [lire ici]
tests/test_protonation_enumeration.py — Python, 139 lignes [lire ici]
tests/test_protonator_factory.py — Python, 56 lignes [lire ici]
tests/test_reporting_toggle.py — Python, 29 lignes [lire ici]
tests/test_runtime.py — Python, 83 lignes [lire ici]
tests/test_smiles_cleaner.py — Python, 32 lignes [lire ici]
tests/test_spreadsheet_source.py — Python, 60 lignes [lire ici]
tests/test_structure_builder.py — Python, 64 lignes [lire ici]
tests/test_structure_exporter.py — Python, 97 lignes [lire ici]
tests/test_structure_panels.py — Python, 34 lignes [lire ici]
tests/test_structure_validator.py — Python, 162 lignes [lire ici]
tests/test_tautomer.py — Python, 112 lignes [lire ici]
tests/test_windows_packaging_spec.py — Python, 21 lignes [lire ici]
tests/test_workflow_pipeline.py — Python, 200 lignes [lire ici]
tools/analyze_embedding_eos101026.py — Python, 56 lignes [lire ici]
tools/analyze_failures.py — Python, 67 lignes [lire ici]
tools/generate_caffeine_icon.py — Python, 54 lignes [lire ici]
LICENSE — Licence, 16 lignes [lire ici]
README.md — Texte, 442 lignes [lire ici]